Sbírky obsahují početné a významné soubory dokumentující především přírodu severozápadních Čech, Českého středohoří a Krušných hor. Nalezneme zde tisíce geologických vzorků minerálů, hornin a doklady paleontologické, herbář, početné jsou zvláště soubory entomologické, atraktivní jsou sbírky zoologické s řadou zajímavých preparátů. V souvislosti s výstavbou v historickém centru města Ústí nad Labem v posledních desetiletích se rozrostly také sbírky archeologické. Historické sbírky obsahují například desetitisíce fotografií, negativů, diapozitivů nebo pohlednic. Jsou zde také sbírky vojenství, které jsou mimořádné například souborem zbraní a vojenského materiálu z období kolem roku 1813, kdy se odehrála bitva u Chlumce. Vzhledem k průmyslovému charakteru regionu jsou početné technické sbírky. Výtvarná umění a umělecká řemesla jsou zastoupena například historickým nábytkem, sklem, souborem pozdně gotických dřevořezeb nebo krajinomalbou 19. a 20.století.